Добрый день,
     
      Действительно, цветовые параметры сбрасываются после применения       фильтров. Мы исправим недоработку в очередном обновлении ПО.     Приносим извинения за причиненные неудобства.

function main()
  local id = AllocTable()
  AddColumn(id, 1, 'QTABLE_STRING_TYPE', true, QTABLE_STRING_TYPE, 30)
  AddColumn(id, 2, 'QTABLE_INT_TYPE', true, QTABLE_INT_TYPE, 25)
  CreateWindow(id)

  local row = InsertRow(id, -1)
  SetCell(id, row, 1, 'задано')
  SetCell(id, row, 2, '0', 0)

  row = InsertRow(id, -1)
  SetCell(id, row, 1, '')

  row = InsertRow(id, -1)
  SetCell(id, row, 2, '')
end

function Green(Line, Col)  SetColor(t_id, Line, Col, RGB(0,120,0), RGB(255,255,255), RGB(0,120,0), RGB(255,255,255));  end;             -- Зеленый
function Green_1(Line, Col)  SetColor(t_id, Line, Col, RGB(0,245,0), RGB(0,0,0), RGB(0,245,0), RGB(0,0,0));  end;                               -- Светло_Зеленый
function Red(Line, Col)  SetColor(t_id, Line, Col, RGB(160,0,0), RGB(255,255,255), RGB(160,0,0), RGB(255,255,255));  end;                 -- Красный

   t_id = AllocTable();
   AddColumn(t_id, 0, "0", true, QTABLE_STRING_TYPE, 12);
   AddColumn(t_id, 1, "1", true, QTABLE_STRING_TYPE , 12);
   AddColumn(t_id, 2, "2", true, QTABLE_STRING_TYPE, 12);
   
    t = CreateWindow(t_id);
    for i = 1, 4, 1 do  InsertRow(t_id, i); end
   
    k = 0
   
     RUN = true
     function main()                            
     while RUN do  sleep(1000);
    
           SetCell(t_id, 1, 1, "   621");   
    if k < 2 then
       Green(1,1)
       k = k + 1
    else 
           Green_1(1,1) 
       k = 0
    end   
         
end 
end 
function OnStop(stop_flag)   
DestroyTable(t_id)
RUN = false
return 1000
end
   

function Green(Line, Col)  SetColor(t_id, Line, Col, RGB(0,120,0), RGB(255,255,255), RGB(0,120,0), RGB(255,255,255));  end;             -- Зеленый
function Red(Line, Col)  SetColor(t_id, Line, Col, RGB(160,0,0), RGB(255,255,255), RGB(160,0,0), RGB(255,255,255));  end;                 -- Красный

   t_id = AllocTable(); -- Получает доступный id для создания  таблицы
   AddColumn(t_id, 0, "0", true, QTABLE_STRING_TYPE, 12);
   AddColumn(t_id, 1, "1", true, QTABLE_STRING_TYPE , 12);
   AddColumn(t_id, 2, "2", true, QTABLE_STRING_TYPE, 12);
   
   t = CreateWindow(t_id); -- Создает таблицу   
    for i = 1, 4, 1 do  InsertRow(t_id, i);  --  end   
          if i <3 then
           for n = 0, 2, 1 do SetCell(t_id, i, n, "   621");  Green(i,n) end
      else      
           for n = 0, 2, 1 do SetCell(t_id, i, n, "   up");  Red(i, n);  end
       end    
    end
   

Таблица.  Данные статичны.   -  http://prntscr.com/ms7g4t

Выставлено "задано", формат по умолчанию    -   http://prntscr.com/ms7hlj

"не содержит", формат не трогаем   -   http://prntscr.com/ms7j2m

Изменён только размер  шрифта   -  http://prntscr.com/ms7khw

Выставлено "Нет цвета"   -   http://prntscr.com/ms7lvd

Второй вариант форматирования     -  http://prntscr.com/ms7nt0        http://prntscr.com/ms7op8

function Green(Line, Col)  SetColor(t_id, Line, Col, RGB(0,120,0), RGB(255,255,255), RGB(0,120,0), RGB(255,255,255));  end;             -- Зеленый
function Red(Line, Col)  SetColor(t_id, Line, Col, RGB(160,0,0), RGB(255,255,255), RGB(160,0,0), RGB(255,255,255));  end;                 -- Красный

   t_id = AllocTable();
   AddColumn(t_id, 0, "0", true, QTABLE_STRING_TYPE, 12);
   AddColumn(t_id, 1, "1", true, QTABLE_STRING_TYPE , 12);
   AddColumn(t_id, 2, "2", true, QTABLE_STRING_TYPE, 12);
   
   t = CreateWindow(t_id);
    for i = 1, 4, 1 do  InsertRow(t_id, i); end
   
     RUN = true
     function main()                            
     while RUN do  sleep(1000);
   
           SetCell(t_id, 1, 1, "   621");  Green(1,1) 
end 
end 
function OnStop(stop_flag)   
DestroyTable(t_id)
RUN = false
return 1000
end
   

В динамике  аналогично   -  http://prntscr.com/ms7wsa

Надеюсь,  наглядно...  

С Уважением...