void QuikInitializeLuaScript(...)
{
   // ...
   HANDLE hevent = CreateEvent(...);
   HANDLE hmainthread = _beginthreadex( ... , scriptmainproc, hevent, CREATE_SUSPENDED);
   script->OnInit();
   ResumeThread(hmainthread);
   WaitForSingleObject(hevent);
   // (по-хорошему тут надо на двух объектах ждать, на событии и самом потоке, кто первый выстрелит)
   // и только теперь продолжаем основной поток квика
}

unsigned __stdcall scriptmainproc(void * pvoid)
{
   HANDLE hevent = reinterpret_cast<HANDLE>(pvoid);
   myscript->OnMainInit();
   SetEvent(hevent);
   myscript->main();
   return 0;
}

Собственно, так и приходится делать, просто жаль создавать еще один поток, а main использовать только для ожидания завершения этого лишнего потока, когда то же самое могло бы быть из коробки.