if os.clock() < 5 then return end

local stopped, id

function OnStop(flag)
  stopped = true
  DestroyTable(id)
end

function main()
  id = AllocTable()
  CreateWindow(id)
  SetTableNotificationCallback(id, function(t_id, msg, par1, par2)
    if msg == QTABLE_CLOSE then
      OnStop()
    end
  end)
  repeat
    sleep(16)
  until stopped
end

#pragma pack(push, 1)
// NOTE: no any padding between fields
struct scripts_dat_header_t
{
   char magic[8];               // = "INFOSCRT"
   int  unknown1;               // = 1 (?)
   int  unknown2;               // = 1 (?)
   int  nrecords;               // = (probably the number of subsequent records)
};
struct scripts_dat_record_t
{
   int  script_path_length;     // the length of the subsequent string
   char script_full_path[1];    // variable length array; the full path to the script file; not zero-terminated
   int  autorun_enabled;        // 1 if autorun enabled, else 0
};
struct scripts_dat_t
{
   struct scripts_dat_header_t header;
   struct scripts_dat_record_t records[1]; // variable length array
};
#pragma pack(pop)

local stop_state = 0
local log_file = io.open(getScriptPath() .. "\\stoplog.txt", "w")

main = function()
   while 0 == stop_state do
      sleep(1000)
   end
   log_file:write("Exit main with code " .. stop_state .. "\n")
end

OnS top = function(flag)
   log_file:write("OnStop with code " .. flag .. "\n")
   stop_state = flag
   return 15000
end

[NUMBER time_out, BOOLEAN autostart] OnStop(NUMBER flag)

и сделать логику следующей:

1) не возвращено ничего - все работает как и сейчас

2) возвращен только таймаут - все работает как и сейчас

3) возвращены таймаут и true - скрипт записывается в автозапуск (даже если завершается не в результате закрытия терминала)

4) возвращены таймаут и false - скрипт удаляется из автозапуска (даже если завершается в результате закрытия терминала)

Тогда появляется и смысл в аргументе этой функции, т.к. сейчас от него проку не наблюдается.

local stopped,f

function main()
   f = io.open("\\\\Server\\E\\1.log","w")
   repeat
      f:write("****\n")
      sleep(16)
   until stopped
   f:close()
end

function OnStop(flag)
   f:write(tostring(flag) .. "\n")
   stopped = true
end

 if (isConnected() ~= 1) then return end