Здравствуйте.
А за 3 года что нибудь изменилось в этом плане?
Очень не хватает функции отмены последнего действия. В большинстве программ это реализовано по сочетанию клавиш CTRL+Z. Поместить можно в меню Окна, в виде пункта меню "Отмена закрытия окна"
Ну или как уже просили выше подтверждение при закрытии графика.