В каком колбеке выставляется стоп?
Если в OnTransReply, возможно (но это не точно) что стоп выставляется до того как на сервер приехала заявка.
Заявки и транзакции транслируются разными потоками, в связи с чем возможны ситуации когда ответ на транзакцию уже приехал, а сама заявка еще нет.
При таком сценарии сервер не может привязать стоп заявку по исполнению к заявке т.к. ее просто нет.
А то что с Ваших слов заявка уже существует в таблице терминала, зависит от того в какой момент смотреть, речь может идти про доли секунд.
Если проблема не наблюдается после срабатывания OnOrder(), значит причина точно в этом.
Если продолжает наблюдаться, к сожалению без анализа со стороны брокера нельзя однозначно определить причины, сообщите кто Ваш брокер.